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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.48 | Zornitza Stark List of related panels changed from to Focal cortical dysplasia HP:0032046;Hemimegalencephaly HP:0007206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.47 | Bryony Thompson Panel types changed to Victorian Clinical Genetics Services; Australian Genomics; Rare Disease; Royal Melbourne Hospital | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.46 | NPRL2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NPRL2 were changed from Focal epilepsy; Focal cortical dysplasia to Epilepsy, familial focal, with variable foci 2- MIM#617116 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.45 | NPRL2 | Zornitza Stark Publications for gene: NPRL2 were set to 29281825; 27173016; 31625153 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.44 | NPRL2 | Zornitza Stark Classified gene: NPRL2 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.44 | NPRL2 | Zornitza Stark Gene: nprl2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.43 | NPRL2 | Krithika Murali reviewed gene: NPRL2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 33461085; Phenotypes: Epilepsy, familial focal, with variable foci 2- MIM#617116; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.43 | TSC2 | Alison Yeung commented on gene: TSC2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.43 | CNTNAP2 | Zornitza Stark Marked gene: CNTNAP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.43 | CNTNAP2 | Zornitza Stark Gene: cntnap2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.43 | CNTNAP2 | Zornitza Stark Classified gene: CNTNAP2 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.43 | CNTNAP2 | Zornitza Stark Gene: cntnap2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.42 | CNTNAP2 |
Zornitza Stark gene: CNTNAP2 was added gene: CNTNAP2 was added to Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: CNTNAP2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CNTNAP2 were set to 16571880; 19896112; 27439707 Phenotypes for gene: CNTNAP2 were set to Cortical dysplasia-focal epilepsy syndrome, MIM# 610042 Review for gene: CNTNAP2 was set to GREEN Added comment: More than 10 unrelated families reported, with a Pitt-Hopkins like syndrome. Typical clinical features include delayed psychomotor development, intellectual disability, severe speech impairment or regression, and behavioural abnormalities. Most patients have onset of seizures within the first years of life. Some patients may have cortical dysplasia on brain imaging. Sources: Expert Review |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.41 | SLC35A2 | Zornitza Stark edited their review of gene: SLC35A2: Changed mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.41 | SLC35A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC35A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.41 | SLC35A2 | Zornitza Stark Gene: slc35a2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.41 | SLC35A2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC35A2 were changed from Congenital disorder of glycosylation, type IIm (OMIM 300896); mild malformation of cortical development with oligodendroglial hyperplasia in epilepsy (MOGHE) to Mild malformation of cortical development with oligodendroglial hyperplasia in epilepsy (MOGHE) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.40 | SLC35A2 | Zornitza Stark Classified gene: SLC35A2 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.40 | SLC35A2 | Zornitza Stark Gene: slc35a2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.39 | SLC35A2 | Zornitza Stark Tag somatic tag was added to gene: SLC35A2. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.39 | SLC35A2 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC35A2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Mild malformation of cortical development with oligodendroglial hyperplasia in epilepsy (MOGHE); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.39 | SLC35A2 |
Shannon LeBlanc gene: SLC35A2 was added gene: SLC35A2 was added to Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: SLC35A2 was set to X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males) Publications for gene: SLC35A2 were set to PMID: 33407896 Phenotypes for gene: SLC35A2 were set to Congenital disorder of glycosylation, type IIm (OMIM 300896); mild malformation of cortical development with oligodendroglial hyperplasia in epilepsy (MOGHE) Review for gene: SLC35A2 was set to GREEN Added comment: somatic variants reported in MOGHE (PMID 33407896). Sources: Literature |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.39 | MTOR | Zornitza Stark Marked gene: MTOR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.39 | MTOR | Zornitza Stark Gene: mtor has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.39 | MTOR | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MTOR were changed from to Smith-Kingsmore syndrome, MIM# 616638 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.38 | MTOR | Zornitza Stark Publications for gene: MTOR were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.37 | MTOR | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: MTOR was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.36 | MTOR | Zornitza Stark reviewed gene: MTOR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28892148; Phenotypes: Smith-Kingsmore syndrome, MIM# 616638; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.36 | Zornitza Stark Panel name changed from Tuberous Sclerosis_Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly to Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.35 | AKT3 | Zornitza Stark Marked gene: AKT3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.35 | AKT3 | Zornitza Stark Gene: akt3 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.35 | AKT3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: AKT3 were changed from to Megalencephaly-polymicrogyria-polydactyly-hydrocephalus syndrome 2, MIM# 615937 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.34 | AKT3 | Zornitza Stark Mode of pathogenicity for gene: AKT3 was changed from to Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.33 | AKT3 | Zornitza Stark Publications for gene: AKT3 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.32 | AKT3 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: AKT3 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.31 | AKT3 | Zornitza Stark reviewed gene: AKT3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: 22729224, 22729223, 32446860, 31441589; Phenotypes: Megalencephaly-polymicrogyria-polydactyly-hydrocephalus syndrome 2, MIM# 615937; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.31 | Zornitza Stark Panel types changed to Australian Genomics; Victorian Clinical Genetics Services; Rare Disease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.30 | TSC2 | Zornitza Stark Marked gene: TSC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.30 | TSC2 | Zornitza Stark Gene: tsc2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.30 | TSC2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TSC2 were changed from to Tuberous sclerosis-2, MIM# 613254 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.29 | TSC2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: TSC2 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.28 | TSC2 | Zornitza Stark reviewed gene: TSC2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Tuberous sclerosis-2, MIM# 613254; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.28 | STRADA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: STRADA were changed from to Polyhydramnios, megalencephaly, and symptomatic epilepsy (MIM#611087) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.27 | TSC1 | Zornitza Stark Marked gene: TSC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.27 | TSC1 | Zornitza Stark Gene: tsc1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.27 | TSC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TSC1 were changed from to Tuberous sclerosis-1, 191100; Autosomal dominant Focal cortical dysplasia, type II, somatic, 607341 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.26 | TSC1 | Zornitza Stark Publications for gene: TSC1 were set to 32917966 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.25 | TSC1 | Zornitza Stark Publications for gene: TSC1 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.24 | TSC1 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: TSC1 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.23 | TSC1 | Zornitza Stark Tag SV/CNV tag was added to gene: TSC1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.23 | TSC1 | Elena Savva reviewed gene: TSC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 32917966; Phenotypes: Tuberous sclerosis-1, 191100, Autosomal dominant Focal cortical dysplasia, type II, somatic, 607341, Lymphangioleiomyomatosis, 606690; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.23 | STRADA | Seb Lunke Marked gene: STRADA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.23 | STRADA | Seb Lunke Gene: strada has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.23 | STRADA | Seb Lunke Publications for gene: STRADA were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.22 | STRADA | Seb Lunke Mode of inheritance for gene: STRADA was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.21 | STRADA | Seb Lunke Classified gene: STRADA as Amber List (moderate evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.21 | STRADA | Seb Lunke Added comment: Comment on list classification: megalencephaly link well established, but no conclusive evidence of hemi-megalencephaly | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.21 | STRADA | Seb Lunke Gene: strada has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.20 | NPRL3 | Zornitza Stark Marked gene: NPRL3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.20 | NPRL3 | Zornitza Stark Gene: nprl3 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.20 | NPRL3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NPRL3 were changed from to Epilepsy, familial focal, with variable foci 3 (MIM#617118) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.19 | NPRL3 | Zornitza Stark Publications for gene: NPRL3 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.18 | NPRL3 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: NPRL3 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.17 | STRADA | Paul De Fazio edited their review of gene: STRADA: Changed rating: GREEN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.17 | STRADA |
Paul De Fazio changed review comment from: Associated with PMSE (Polyhydramnios, megalencephaly, and symptomatic epilepsy). Link to TSC seems tenuous and is limited to the authors of PMID: 17522105 citing similarities to TSC in histological findings in an individual with biallelic STRADA deletions, and the fact that this gene is implicated in the mTORC pathway. This gene is an upstream inhibitor of mTORC1. Treatment with rapamycin reduces seizures in a mouse model (PMID: 23616120).; to: Associated with PMSE (Polyhydramnios, megalencephaly, and symptomatic epilepsy). Link to TSC seems tenuous and is limited to the authors of PMID: 17522105 citing similarities to TSC in histological findings in an individual with biallelic STRADA deletions, and the fact that this gene is implicated in the mTORC pathway. However megalencephaly is a common characteristic in almost all patients (summarised in PMID: 27170158). Reported patients include 7 distantly-related Mennonite children with the same 7kb deletion, plus two other separate unrelated individuals. This gene is an upstream inhibitor of mTORC1. Treatment with rapamycin reduces seizures in a mouse model (PMID: 23616120). |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.17 | NPRL2 | Zornitza Stark Marked gene: NPRL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.17 | NPRL2 | Zornitza Stark Gene: nprl2 has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.17 | NPRL2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NPRL2 were changed from to Focal epilepsy; Focal cortical dysplasia | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.16 | NPRL2 | Zornitza Stark Publications for gene: NPRL2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.15 | NPRL2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: NPRL2 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.14 | NPRL2 | Zornitza Stark Classified gene: NPRL2 as Amber List (moderate evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.14 | NPRL2 | Zornitza Stark Gene: nprl2 has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.13 | DEPDC5 | Zornitza Stark Marked gene: DEPDC5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.13 | DEPDC5 | Zornitza Stark Gene: depdc5 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.13 | DEPDC5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DEPDC5 were changed from to Epilepsy, familial focal, with variable foci 1 (MIM#604364) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.12 | DEPDC5 | Zornitza Stark Publications for gene: DEPDC5 were set to 31444548 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.12 | DEPDC5 | Zornitza Stark Publications for gene: DEPDC5 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.11 | DEPDC5 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: DEPDC5 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | NPRL3 | Ain Roesley reviewed gene: NPRL3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27173016, 26285051; Phenotypes: Epilepsy, familial focal, with variable foci 3 (MIM#617118); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | NPRL2 | Ain Roesley Deleted their review | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | NPRL2 | Ain Roesley reviewed gene: NPRL2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30093711, 27173016; Phenotypes: Epilepsy, familial focal, with variable foci 2 (MIM#617116); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | NPRL2 | Dean Phelan reviewed gene: NPRL2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 29281825, 27173016, 31625153; Phenotypes: Focal epilepsy, Focal cortical dysplasia; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | DEPDC5 | Ain Roesley reviewed gene: DEPDC5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31444548; Phenotypes: Epilepsy, familial focal, with variable foci 1 (MIM#604364); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | STRADA | Paul De Fazio reviewed gene: STRADA: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28688840, 17522105, 27170158, 23616120; Phenotypes: Polyhydramnios, megalencephaly, and symptomatic epilepsy (MIM#611087); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | PTEN | Zornitza Stark Marked gene: PTEN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | PTEN | Zornitza Stark Gene: pten has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.10 | PTEN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PTEN were changed from to Cowden syndrome 1 158350; Lhermitte-Duclos syndrome 158350; Macrocephaly/autism syndrome 605309 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.9 | PTEN | Zornitza Stark Publications for gene: PTEN were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.8 | PTEN | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: PTEN was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.7 | PTEN | Lauren Akesson reviewed gene: PTEN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 32162846; Phenotypes: Cowden syndrome 1 158350, Lhermitte-Duclos syndrome 158350, Macrocephaly/autism syndrome 605309; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.7 | BRAF | Zornitza Stark Marked gene: BRAF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.7 | BRAF | Zornitza Stark Gene: braf has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.7 | BRAF | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BRAF were changed from to RASopathies; Focal cortical dysplasia | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.6 | BRAF | Zornitza Stark Publications for gene: BRAF were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.5 | BRAF | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: BRAF was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.4 | BRAF | Zornitza Stark Classified gene: BRAF as Amber List (moderate evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.4 | BRAF | Zornitza Stark Gene: braf has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.3 | BRAF | Zornitza Stark Tag somatic tag was added to gene: BRAF. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.3 | BRAF | Zornitza Stark reviewed gene: BRAF: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25356392; Phenotypes: Focal cortical dysplasia; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.3 | BRAF | Lauren Akesson reviewed gene: BRAF: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 18039946, 18039235; Phenotypes: RASopathies; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.1 |
Sebastian Lunke Panel name changed from Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS to Tuberous Sclerosis_Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly Panel types changed to Australian Genomics; Victorian Clinical Genetics Services |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | TSC2 |
Zornitza Stark gene: TSC2 was added gene: TSC2 was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: TSC2 was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | TSC1 |
Zornitza Stark gene: TSC1 was added gene: TSC1 was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: TSC1 was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | STRADA |
Zornitza Stark gene: STRADA was added gene: STRADA was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: STRADA was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | PTEN |
Zornitza Stark gene: PTEN was added gene: PTEN was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: PTEN was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | NPRL3 |
Zornitza Stark gene: NPRL3 was added gene: NPRL3 was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: NPRL3 was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | NPRL2 |
Zornitza Stark gene: NPRL2 was added gene: NPRL2 was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: NPRL2 was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | MTOR |
Zornitza Stark gene: MTOR was added gene: MTOR was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: MTOR was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | DEPDC5 |
Zornitza Stark gene: DEPDC5 was added gene: DEPDC5 was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: DEPDC5 was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | BRAF |
Zornitza Stark gene: BRAF was added gene: BRAF was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: BRAF was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | AKT3 |
Zornitza Stark gene: AKT3 was added gene: AKT3 was added to Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS. Sources: Australian Genomics Health Alliance Brain Malformations Flagship,Victorian Clinical Genetics Services,Expert Review Green Mode of inheritance for gene: AKT3 was set to Unknown |
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| Tuberous Sclerosis_Focal Cortical Dysplasia_Hemimegalencephaly v0.0 | Zornitza Stark Added panel Tuberous sclerosis, cortical dysplasia and hemimegalencephaly_AustralianGenomics_VCGS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||